Po maturite na gymnáziu v Kláštore pod Znievom v roku 1933 plánoval študovať teológiu. Nastúpil na štúdium na vysokú školu v Mníchove – Pullachu, o rok neskôr prestúpil na teologickú fakultu v Innsbrucku a v novembri roku 1933 nastúpil do tretieho ročníka na Teologickej fakulte Jagelovskej univerzity v Krakove. Po začiatku druhej svetovej vojny pokračoval v štúdiu cirkevného práva v Ríme a Sarajeve. Štúdium mu komplikoval jeho zdravotný stav. Pre tuberkulózu hrdla a pľúc štúdium viackrát prerušil, až ho napokon po roku liečenia musel zanechať. Vrátil sa späť na Slovensko a usadil sa v Bratislave. Popri štúdiu teológie sa vzdelával aj v oblasti umenia. Už počas gymnázia sa pod vedením regenschoriho J. Chládeka venoval hre na harmóniu, klavíri a organe. V Mníchove sa sám zdokonaľoval v hre na klavíri, v Innsbrucku študoval muzikológiu u W. Senna, kompozíciu u F. Weidlicha a tiež výtvarné umenie a sociológiu.

Po návrate na Slovensko pôsobil v roku 1932 na hudobnom oddelení Československého rozhlasu. Začal písať recenzie pre rôzne slovenské denníky na hudobné, výtvarné i divadelné diela. Keďže mu jeho hudobné vysokoškolské vzdelanie celkom neuznali, v rokoch 1941 – 1944 študoval klavírnu a organovú hru u prof. Š. Németha-Šamorínskeho a psychológiu u prof. A. Jurovského na Slovenskej univerzite v Bratislave (dnes Univerzita Komenského). V rokoch 1941 – 1945 pôsobil ako dramaturg Slovenského ľudového divadla v Nitre a súčasne v rokoch 1942 – 1945 pracoval ako hudobný expert v rozhlase. Zároveň sa naďalej venoval písaniu recenzií na operné i činoherné inscenácie Slovenského národného divadla. Prispieval do Slovenského hlasu, Slovenskej pravdy i Katolíckych novín.

V období rokov 1945 – 1948 bol E. Z. riaditeľom Hudobnej komory v Bratislave. Neúspešne sa pokúšal založiť Slovenský komorný orchester na čele s dirigentom B. Urbancom. Takisto sa mu nepodarilo založiť hudobný časopis. Táto snaha mu vyšla až o desať rokov, keď na jeho podnet J. Šamko založil periodikum Slovenská hudba. V roku 1946 vydal pod pseudonymom Pavol Záhorský knihu Všeobecná náuka o hudbe. Zároveň zbieral materiály na monografiu Súčasná slovenská hudba (1947), ktorú neskôr prepracoval. Vyšla pod názvom Prehľad dejín slovenskej hudby (1955). V roku 1951 obhájil dizertačnú prácu na tému Vývoj realizmu a harmonického myslenia v tvorbe Eugena Suchoňa na Katedre hudobnej vedy na Masarykovej univerzite v Brne. Život a dielo E. Suchoňa zhrnul E. Z. v monografii Eugen Suchoň z roku 1955. V tom istom roku mu vyšla aj kniha Ján Levoslav Bella.

V rokoch 1953 – 1958 pôsobil ako archivár Zväzu slovenských skladateľov, neskôr vedúci Hudobno-informačného strediska pri Slovenskom hudobnom fonde v Bratislave. Zo zväzu ho v roku 1958 prepustili z politických dôvodov pre kritický článok o hudobnom živote na Slovensku, ktorý vyšiel v poľskom časopise Ruch muzyczny. Odvtedy pracoval a tvoril v slobodnom povolaní. E. Z. prispel dvadsiatimi šiestimi heslami do encyklopédie Die Musik und Geschichte und Gegenwart (MGG), na ktorej spolupracovalo viac ako tristo autorov a vyšla v pätnástich zväzkoch v rokoch 1958 – 1979. Spolupracoval tiež pri tvorbe Juhoslovanskej hudobnej encyklopédie. V roku 1963 vyšla E. Z. monografia Maurice Ravel a od 1963 do 1975 v zborníku Musik des Ostens na pokračovanie vychádzali Dejiny hudobnej kultúry v Kremnici. Na Slovensku vychádzali v zborníku Hudobný archív v rokoch 1977 – 1981.

Vrcholom jeho muzikologickej práce bola monografia Johann Sebastian Bach z roku 1970, ktorá vyšla vo viacerých vydaniach na Slovensku i v zahraničí. Bachovej tvorbe sa E. Z. venoval aj vo viacerých štúdiách, ktoré uverejňoval najmä v časopise Hudobný život.

Získal viaceré ocenenia. V roku 1969 mu minister kultúry M. Válek udelil „Vyznamenanie za vynikajúcu prácu“ ako uznanie celoživotného diela, v roku 1971 mu Slovenský hudobný fond udelil cenu za monografiu o J. S. Bachovi a za roky 2010 – 2011 získal in memoriam Cenu Sebastian za mimoriadny prínos k odkazu diela J. S. Bacha pre súčasníkov.